Jogo para GBA. Acompanha caixa e berco. Jogo paralelo funciona perfeitamente. 
Em Metroid Fusion, Samus Aran é enviada para uma estação espacial para investigar uma explosão e encontra o parasita X, uma criatura capaz de copiar e imitar seres vivos. A jogabilidade combina ação de plataforma com elementos de exploração, com foco em resolver quebra-cabeças e obter power-ups. Samus deve combater o SA-X, uma versão perigosa de si mesma criada pelo parasita X, e enfrentar a ameaça do parasita X que se espalha pela estação espacial. 
A história de Metroid Fusion se desenvolve em torno da investigação de Samus sobre uma explosão na estação espacial Biologic Space Labs (BSL). Ela descobre que a causa da explosão foi um parasita X, uma criatura que se alimenta de outros seres vivos e é capaz de copiar suas formas e habilidades. Samus, infectada pelo parasita, recebe uma vacina feita do DNA de um Metroid, o que lhe confere novos poderes, mas também a torna vulnerável ao parasita X. 
A trama se complica com o surgimento do SA-X, uma cópia de Samus criada pelo parasita X a partir de partes da armadura dela. O SA-X possui todas as habilidades e poderes de Samus em seu auge, tornando-o uma ameaça ainda maior. Samus precisa então enfrentar não apenas o parasita X, mas também o SA-X, enquanto explora a estação espacial e busca uma maneira de conter a ameaça. 
A jogabilidade de Metroid Fusion combina elementos clássicos de Metroid, como exploração, plataformas, tiro e quebra-cabeças, com novas mecânicas como agarrar-se a saliências e subir escadas. A história é um elemento central do jogo, com a progressão guiada por missões e diálogos com o computador da estação, Adam, que auxilia Samus em sua jornada. O jogo também explora temas como a relação de Samus com a Federação Galáctica e a traição que ela sente quando descobre que a Federação estava secretamente criando Metroids.